私はあまり詳しくないので間違った認識かもしれないけど、 Macユーザーでかつ描画ツールなんか使う人には多分必須なんじゃないかと思われるX11。 そしてX11が必要なソフトウェアのためにはXQuartzを入れなきゃいけない。 新しいPCの環境構築をやっていたらこ…

問題 pipでパッケージを入れようとすると以下のようなエラーが出るようになった。 $ pip install progressbar Traceback (most recent call last): File "/usr/local/bin/pip", line 9, in <module> load_entry_point('pip==1.5.6', 'console_scripts', 'pip')() Fil</module>…

一度Adobe Readerがデフォルトにしてみたら、動きが重かったり検索が使いにくかったりで困ったため、プレビューに戻すことを決意。 Adobe Readerの環境設定で「デフォルトで閲覧モードで表示」のチェックを外したら一度は解除された、のだが。 何かの拍子に…

コマンドラインで動かすプログラムをよく使うようになって数年経ちますが、 未だにunixコマンドを全然覚えていません、酷い。 この1年くらいでcshやらPythonやらで軽いコードを書く機会は増えたものの、 基本的は既存のプログラムに任せっきりで、コマンドを…

MDの結果を確認する時に毎度お世話になっているVMDさん。 しかし未だに使い方がよく分からず困る。 よく使う割に毎回悩まされるのが色関係。 VMDは（多分）背景透過ができないので、>Graphics>Colors…>Display>Background>whiteで白背景にしといて、保存画像…

普段使っているスクリプトで以下のようなエラーが出た。 IOError: [Errno 24] Too many open files: 'input.txt' このスクリプトにはforで複数回openするコードが入っており、今回は特に幾千万レベルを回す処理だったため、上限に引っかかったようだ。 for n…

例えばGromacsなんかはMDを行うと、基本的には設定した保存間隔置きに出力ファイルを書き足していきますが、1つ例外のファイルがあります。 groファイルには最終構造のみが記述されるため、計算が終了するまで出力されないのです。 これを利用して、計算Aのg…

Keynoteのカラーパネルは一番下に色登録がある。 すぐ色を使えて便利なんだけども、15色しか登録できない。 3,4色の組み合わせを登録すると4組くらいで埋まってしまうのだ。 それで資料作成の度に消しては加えを繰り返していたのだけど、いちいち消さなくて…

とあるグラフを片対数グラフにしたくて、はじめはデータの方を弄ろうと思ったが、gnuplotで出来ることを思い出した。 以下はx軸を対数スケールにする場合。 gnuplot> set logscale x データ弄るより断然楽だわー。

あけましておめでとうございます。 今年の目標は（超簡単なもので良いから）PythonでGUIアプリケーションを作れるようになることです。 新年一発目の備忘録はcpコマンド。 copy_dというディレクトリ内のファイルを全てコピーして、paste_dというディレクトリ…

別のpdbファイルに書かれた2つの構造を近くに配置したpdbファイルを作成したい。 Swiss-PdbViewerを使えば、マウスでぐりぐりと配置して出力することが出来る。 正直操作がよく分からなくて碌に使っていなかったけど、これは便利だったのでまとめておく。 1.…

pdb2gmxでタンパク質のpdbファイルを読み込むと、出力されるtopol.topファイルの[ molecules ]の項目には以下のように書かれます。 （これはchainが1つの場合） [ molecules ] ; Compound #mols Protein_chain_A 1 そしてMD実行時のmdpファイルのtc-grpsパラ…

後輩に渡したファイルがviで文字化けするという問題が発生した。 そのファイルはutf-8で書いたもの。 普通に.vimrcに以下を書き加えることで解決。 "デフォルトの文字コードをutf-8に set enc=utf-8 "ここに列挙された文字コードの順番で対象ファイルを開く …

普段使いのテキストエディタはCotEditorだけど、Markdownを使う時はプレビューがすぐ見たかったのでMouをインストール。 慣れてみないと分からないけど、今のところ使いやすくてとても良い。 PDFに書き出せるのも便利。 今後はメモや簡単なドキュメントをMar…

何十個の連番データを一個一個グラフ化する苦行は早々リタイア。 以下、重要ポイント。 gnuplot <

テキストファイル内の文字列を変換する時のメモ。 sedコマンド使って-eで何をするか指示する。 ">"で出力指定する時にファイル名を別のものにしないとデータが消えてしまう。 以下は連番でファイルを読んで、ファイル内のWWWWをwwwwに変換する場合。 #! /bin…

まさかの後輩から学ぶの巻。 自分で問題解決しようとする能力がある良い後輩ですね！ Gromacsでは何かとグループ選択画面が現れます。 ですが、デフォルトでは単純なものしか選べません。 （protein、SOL、sidechain などなど） んで、そこそこ慣れるとデフ…

リストから複数の要素を抜くにはどうするか。 remove()では1つの要素しか削除できない。 悩んだ結果、とりあえずforで回してみた。 index = range(1,10) #indexからwithoutを除く without = [2,4,5,8] for w in without: index.remove(int(w)) >>> print ind…

去年からやろうやろうと考えていたのに気付けば年の瀬に。 細かい設定はまた追い追いやるとして、まずはPythonのコードを載せるテスト。 #適当なリスト text = ['H','e','l','l','o','W','o','r','l','d','!','!'] for line in text: print line シンタック…