Swiss-PdbViewerで分子をマウス移動

別のpdbファイルに書かれた2つの構造を近くに配置したpdbファイルを作成したい。

Swiss-PdbViewerを使えば、マウスでぐりぐりと配置して出力することが出来る。

正直操作がよく分からなくて碌に使っていなかったけど、これは便利だったのでまとめておく。

1. 2つのpdbファイル（例： A.pdbとB.pdb）を読み込む。

ソフトを開いた時にA.pdbを選択し、メニューのFile > Open PDB fileでB.pdbを読む。2つを開いた初期状態は大抵見にくい。Toolbarの左上のアイコンを押すと全体が見えるようになる。

2. Layers Infoのmovというチェック欄から、片方チェックを外す。

Layers Infoが無かったらメニューのWindから選ぶか、command+Iで出す。movのチェックを外せばそのオブジェクトは動かなくなる。

3. AとBが目的の位置関係になるよう調整する。

手の形のアイコンは縦横移動モード、ウィンドウ形のアイコンは拡大縮小モード、一周してる矢印アイコンが回転モード。今回はAとBが重なってるので縦横移動モードで距離を離してやる。

4. pdbファイルに出力する。

メニューのFile > Save > Project(all layers)で保存。上のCurrent Layerだと選択中（赤文字になっている）のオブジェクトだけが保存される。

5. PyMOLで確認する。

開くとちゃんと2分子が一緒に表示された。

直接座標指定するのしんどすぎたので、今度から積極的に使っていきたい。

……うん、素晴らしいんだけど。

それにしてもアイコン分かりにくくない？

回転モードとかアンドゥだとばかり。