別のpdbファイルに書かれた2つの構造を近くに配置したpdbファイルを作成したい。 Swiss-PdbViewerを使えば、マウスでぐりぐりと配置して出力することが出来る。 正直操作がよく分からなくて碌に使っていなかったけど、これは便利だったのでまとめておく。 1.…

pdb2gmxでタンパク質のpdbファイルを読み込むと、出力されるtopol.topファイルの[ molecules ]の項目には以下のように書かれます。 （これはchainが1つの場合） [ molecules ] ; Compound #mols Protein_chain_A 1 そしてMD実行時のmdpファイルのtc-grpsパラ…

後輩に渡したファイルがviで文字化けするという問題が発生した。 そのファイルはutf-8で書いたもの。 普通に.vimrcに以下を書き加えることで解決。 "デフォルトの文字コードをutf-8に set enc=utf-8 "ここに列挙された文字コードの順番で対象ファイルを開く …

普段使いのテキストエディタはCotEditorだけど、Markdownを使う時はプレビューがすぐ見たかったのでMouをインストール。 慣れてみないと分からないけど、今のところ使いやすくてとても良い。 PDFに書き出せるのも便利。 今後はメモや簡単なドキュメントをMar…

何十個の連番データを一個一個グラフ化する苦行は早々リタイア。 以下、重要ポイント。 gnuplot <

テキストファイル内の文字列を変換する時のメモ。 sedコマンド使って-eで何をするか指示する。 ">"で出力指定する時にファイル名を別のものにしないとデータが消えてしまう。 以下は連番でファイルを読んで、ファイル内のWWWWをwwwwに変換する場合。 #! /bin…

まさかの後輩から学ぶの巻。 自分で問題解決しようとする能力がある良い後輩ですね！ Gromacsでは何かとグループ選択画面が現れます。 ですが、デフォルトでは単純なものしか選べません。 （protein、SOL、sidechain などなど） んで、そこそこ慣れるとデフ…

リストから複数の要素を抜くにはどうするか。 remove()では1つの要素しか削除できない。 悩んだ結果、とりあえずforで回してみた。 index = range(1,10) #indexからwithoutを除く without = [2,4,5,8] for w in without: index.remove(int(w)) >>> print ind…

去年からやろうやろうと考えていたのに気付けば年の瀬に。 細かい設定はまた追い追いやるとして、まずはPythonのコードを載せるテスト。 #適当なリスト text = ['H','e','l','l','o','W','o','r','l','d','!','!'] for line in text: print line シンタック…