pdb2gmxでタンパク質のpdbファイルを読み込むと、出力されるtopol.topファイルの[ molecules ]の項目には以下のように書かれます。 （これはchainが1つの場合） [ molecules ] ; Compound #mols Protein_chain_A 1 そしてMD実行時のmdpファイルのtc-grpsパラ…