例えばGromacsなんかはMDを行うと、基本的には設定した保存間隔置きに出力ファイルを書き足していきますが、1つ例外のファイルがあります。 groファイルには最終構造のみが記述されるため、計算が終了するまで出力されないのです。 これを利用して、計算Aのg…

pdb2gmxでタンパク質のpdbファイルを読み込むと、出力されるtopol.topファイルの[ molecules ]の項目には以下のように書かれます。 （これはchainが1つの場合） [ molecules ] ; Compound #mols Protein_chain_A 1 そしてMD実行時のmdpファイルのtc-grpsパラ…

まさかの後輩から学ぶの巻。 自分で問題解決しようとする能力がある良い後輩ですね！ Gromacsでは何かとグループ選択画面が現れます。 ですが、デフォルトでは単純なものしか選べません。 （protein、SOL、sidechain などなど） んで、そこそこ慣れるとデフ…