例えばGromacsなんかはMDを行うと、基本的には設定した保存間隔置きに出力ファイルを書き足していきますが、1つ例外のファイルがあります。 groファイルには最終構造のみが記述されるため、計算が終了するまで出力されないのです。 これを利用して、計算Aのg…