Macのカラーパレット
Keynoteのカラーパネルは一番下に色登録がある。
すぐ色を使えて便利なんだけども、15色しか登録できない。
3,4色の組み合わせを登録すると4組くらいで埋まってしまうのだ。
それで資料作成の度に消しては加えを繰り返していたのだけど、いちいち消さなくて良いことを知ったのでメモ。
1. 気に入った配色の画像をkeynoteに貼付ける。
2. カラーパネルの左から3番目（パレット：という項目のあるやつ）を選択。
3. パレット：の右端の歯車をクリックして新規。
4. 名称未設定というパレットが出来るので、もう一度歯車をクリックして名前を変更。それっぽい名前を付ける。
5. 左上の虫眼鏡をクリックするとカラーピッカー状態になる。
6. 配色画像をクリックすればその色が虫眼鏡の横に表示されるので、パレット下にドラッグ&ドロップ。
結果：すこぶる捗る
デザインがある程度固まらないとテンションも低くて筆も進まない系クズなので、これは嬉しい。
（典型的な形から入るタイプ）
ていうかむしろ、何故今までパレットの歯車の存在に気付かなかったかなあ……
Keynoteはもう2年近く使ってるのにまだ機能をあまり理解してない。
＜追記＞
Keynoteに限らず、Macのカラーパレットなんだね………
他のソフトでも登録した色を使えることに気付きました。
Swiss-PdbViewerで分子をマウス移動
別のpdbファイルに書かれた2つの構造を近くに配置したpdbファイルを作成したい。
Swiss-PdbViewerを使えば、マウスでぐりぐりと配置して出力することが出来る。
正直操作がよく分からなくて碌に使っていなかったけど、これは便利だったのでまとめておく。
1. 2つのpdbファイル（例： A.pdbとB.pdb）を読み込む。
ソフトを開いた時にA.pdbを選択し、メニューのFile > Open PDB fileでB.pdbを読む。2つを開いた初期状態は大抵見にくい。Toolbarの左上のアイコンを押すと全体が見えるようになる。
2. Layers Infoのmovというチェック欄から、片方チェックを外す。
Layers Infoが無かったらメニューのWindから選ぶか、command+Iで出す。movのチェックを外せばそのオブジェクトは動かなくなる。
3. AとBが目的の位置関係になるよう調整する。
手の形のアイコンは縦横移動モード、ウィンドウ形のアイコンは拡大縮小モード、一周してる矢印アイコンが回転モード。今回はAとBが重なってるので縦横移動モードで距離を離してやる。
4. pdbファイルに出力する。
メニューのFile > Save > Project(all layers)で保存。上のCurrent Layerだと選択中（赤文字になっている）のオブジェクトだけが保存される。
5. PyMOLで確認する。
開くとちゃんと2分子が一緒に表示された。
直接座標指定するのしんどすぎたので、今度から積極的に使っていきたい。
……うん、素晴らしいんだけど。
それにしてもアイコン分かりにくくない？
回転モードとかアンドゥだとばかり。
GROMACS：proteinが入っていない場合のMDの注意点
pdb2gmxでタンパク質のpdbファイルを読み込むと、出力されるtopol.topファイルの[ molecules ]の項目には以下のように書かれます。
（これはchainが1つの場合）
[ molecules ] ; Compound #mols Protein_chain_A 1
そしてMD実行時のmdpファイルのtc-grpsパラメータには例えば以下のように書きます。（全世界のGROMACSユーザーの第一関門である（多分）LysozymeのTutorialの設定。）
tc-grps = Protein Non-Protein
では溶媒のみのシミュレーション、つまりタンパク質の無い系を動かす場合はNon-Proteinだけでいいのかな？
毎回忘れてやらかすのですが、そうすると「Non-Proteinとか何言ってるか分からないんですけど！」的な感じで怒られます。
どうやら[ molecules ]の項目にProteinが無い時はNon-Proteinじゃ駄目みたいです。
このような場合は、systemと書けば良いです（直接SOLと書いても良いと思います）。
tc-grps = system
プレビュー付きMarkdown用エディタを使い始める。
普段使いのテキストエディタはCotEditorだけど、Markdownを使う時はプレビューがすぐ見たかったのでMouをインストール。
慣れてみないと分からないけど、今のところ使いやすくてとても良い。
PDFに書き出せるのも便利。
今後はメモや簡単なドキュメントをMarkdownで作ろうかなあ。
ただしデフォルトだとフォントが中文用。
読めるけどドキュメント作成に使うなら変えときたい。
方法
Preferences>CSS>Use CSS:の右側にあるEditをクリック。
するとCSS置き場がFinderで表示されるので、現在使っているファイルをテキストエディタで開く。
例えばClearness.cssの場合は13行目にフォントの指定がある。
font-family: "Helvetica Neue", Helvetica, "Hiragino Sans GB", Arial, sans-serif;
Hiragino Sans GBは中文用のヒラギノ。 ここを日本語用フォントに変更。
font-family: "Helvetica Neue", Helvetica, "Hiragino Kaku Gothic ProN", Arial, sans-serif;
デフォを直接弄るのは不安なので、名前を変えて保存。
Mouに戻ってEditの隣のReloadを押すと、Use CSS:で新しいcssファイルが選択できるようになっている。
