GROMACS：proteinが入っていない場合のMDの注意点

pdb2gmxでタンパク質のpdbファイルを読み込むと、出力されるtopol.topファイルの[ molecules ]の項目には以下のように書かれます。

（これはchainが1つの場合）

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_chain_A     1

そしてMD実行時のmdpファイルのtc-grpsパラメータには例えば以下のように書きます。（全世界のGROMACSユーザーの第一関門である（多分）LysozymeのTutorialの設定。）

tc-grps      = Protein Non-Protein

では溶媒のみのシミュレーション、つまりタンパク質の無い系を動かす場合はNon-Proteinだけでいいのかな？

毎回忘れてやらかすのですが、そうすると「Non-Proteinとか何言ってるか分からないんですけど！」的な感じで怒られます。

どうやら[ molecules ]の項目にProteinが無い時はNon-Proteinじゃ駄目みたいです。

このような場合は、systemと書けば良いです（直接SOLと書いても良いと思います）。

tc-grps      = system